<<ストーリー>>
中東戦争当時、イスラエルの戦闘機がシリア上空で撃墜され、搭載されていた核が紛失した。それから29年後のアメリカ合衆国。冷戦が終わった現在でも、核の脅威は存在し、ファウラー大統領ら国防に関わる幹部たちは、弾道核ミサイル攻撃に備えた演習を繰り返していた。チェチェン問題でロシアの緊張が高まっていた頃、オーストラリアのウィーンでは、ネオナチの実業家リチャード・ドレスラーが、冷戦集結がヨーロッパ勢に危機をもたらすという持論を展開していた。一方、ロシアでは、アメリカが核解体施設への視察を予定していた直前に、ゾルキン大統領が急死した。
ロシアの新大統領には、アレクサンドル・ネメロフが就いたが、彼がロシア帝国再建を目論んでいるという情報もあり、アメリカ政府は警戒した。この問題に関して助言が求められたCIAの分析官ジャック・ライアンは、ホワイトハウスの会議の席で、ネメロフが急進派であることを否定した。ネメロフを熟知するライアンは、そのまま、核解体の視察に向かう長官のウィリアム・キャボットに同行することになった。ロシアへ向かう機内で、ボルチモア記念病院に務める恋人キャシー・マラーに電話したライアンは、ここではじめて自分がCIAであることを明かした。だが、キャシーは、冗談と思って電話を切ってしまった。
ロシア連邦政府で会見したネメロフは、まずはじめに、国内にチェチェン問題を利用しようとする反乱分子がいることを告げると、アメリカがこの問題な口を挟むことを牽制した。ライアンたちが案内されたアルザマズの解体施設では、スパスキー博士ら三人の科学者が行方不明になっていた。その三人は、核爆弾を作るのに必要不可欠な技術の持ち主であったが、そのことは、事前にキャボットがロシアのスパイ“スピネーカー”から情報を得ていた。キャボットは、“最悪の惨劇を避けるため、裏口は常にあけておくものだ”と、彼の情報網に驚くライアンに言った。一方その頃、シリアのダマスカスの砂漠で、中東戦争で紛失していた核が砂漠の中から発見されていた。発掘を見守っていたCIAのオルソンは、核を買い取ると、それをイスラエルのハイファから出航する貨物船に乗せた。
アメリカへ帰ったライアンは、キャボットの計らいにより、キャシーへの先日の埋め合わせをするため、彼女と一緒に大統領主催の晩餐会へ出席することになった。本来、出席の予定だったCIA工作員のジョン・クラークは、キャボットの命令でロシアへ飛んだため、招待状が余ったのだった。晩餐会の最中、ロシアがチェチェンの首都グロズヌイに対し、化学兵器による攻撃を仕掛けたという情報が飛び込んできた。ファウラーは緊急の閣議を開き、ライアンも同席することになった。ファウラーたち幹部は、ネメロフが攻撃を指揮したと決めてかかり、一時的に国として承認したチェチェンへ平和維持軍を送り込むという案を練られた。そんな中、ただ一人、ライアンだけはネメロフを信じていたが、すぐに、チェチェン攻撃を認めるネメロフの声明が発表された。テレビで声明を見て茫然としたライアンだったが、彼の読みは正しかった。実際、ネメロフは攻撃の指揮などしておらず、何者かが彼の声明を捏造したのだった。
ドレスラーの悪魔の計画は着実に進行していた。ヨーロッパの左翼勢力、ネオナチ、そして、白人至上主義が一つに結託し、今、一つの目的に向かって進んでいた。彼らの狙いはアメリカとロシアに戦争を起こさせることで、両大国が共倒れした後にファシズムを再建することが最終の目的だった。ドレスラーの計画では、メリーランドのボルチモアが核戦争の引き金になる予定だった。
ロシアのアルザマズに向かったクラークは、入院中のスパスキー博士の母から息子の居場所を聞き出し、ウクライナへ飛んだ。ホテルでキャシーと二人だけの時を楽しもうとしていたライアンだったが、電話でキャボットに呼び出され、極秘の任務を与えられた。ウクライナのクレメンチェク人工湖に向かったライアンは、クラークと接触し、スパスキーたちが秘密裏に作業を行なっている施設の情報の入ったディスクを渡した。だが、クラークが湖畔の施設に入ったときには、既に科学者たちは殺害されており、ハイファから送られた荷物も持ち去られていた。
アメリカに戻ったライアンは、ウクライナから輸出された荷物の追跡をCIAの同僚に依頼した。追跡の結果、例の荷物はアメリカのボルチモアに持ち込まれていたことが分かった。その時、ファウラーとキャボットは、ボルチモアのスタジアムでスーパーボウルの試合を観戦中だった。スタジアムの設置されたタバコの自販機に原爆が仕掛けられているとも知らずに。ライアンは、キャボットに電話をかけ、ハーフタイム中にようやくつながった。近くに爆弾があることを知らされたキャボットは、すぐさまファウラーをスタジアムの外に連れ出すが、彼らが遠くへ避難する間もなく、原爆が炸裂してしまった。爆風は、ファウラーの車やボルチモア記念病院、そして、ライアンの乗っていたヘリを吹き飛ばした……。
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