<<ストーリー>>
２０６５年。３４年前に隕石が落下して以来、謎の突然死が多発し、人類は絶滅に向かいはじめていた。生き残った人類は、ファントムから身を守る術として、バリアで囲まれた都市で生活していた。異変の原因を探るシド博士は、隕石によって運ばれた生命体“ファントム”を確認していた。やがて博士は、ファントムのエネルギーを無力化する融和波動の存在に気付いた。波動を完成させるためには、生命に内在する８つの“スピリット”が必要で、地球上に散らばっているそれらを集めることが人類を救う唯一の手立てだった。
シドの弟子のアキ・ロス博士は、旧ニューヨークの廃墟の中で６つ目のスピリットである植物を採取した。危険な船外での活動中にファントムに襲われたアキは、元恋人のグレイ・エドワース大尉率いる軍の部隊“ディープアイズ”に助けられた。
地球のガイア説を唱えるシドは、学会では異端者だった。だが、バリアシティー・ニューヨークの評議会で、ファントム対策が論じられると、シドは、異端扱いを受けるのを承知の上で、融和波動を作る計画を話した。評議員から融和波動が有効である証拠を要求されたアキは、自分がファントムに感染していることを明らかにした。通常、ファントムに犯された場合は直ちに死に至るが、これまでに集めたスピリットから作った融和波動により、アキは生きることが出来たのだった。
ファントムを無力化するという手段に反し、ファントムを侵略者と見なしているハイン将軍は、あくまで殲滅に拘っていた。彼は、新規開発したゼウス砲の使用を強行するため、アキがファントムに犯されていることを利用し、彼女の発言を封じ込めようと企んだ。彼は、アキの監視を部下役にグレイを選び、彼女がおかしなマネをしたら即座に逮捕するよう命じた。
７つ目のスピリットは、ツーソン荒地で死亡していた兵士が持っていた。生体部品を使用したバックパックがそれだった。無事にスピリットを採取されたが、その時、アキが発作を起こして倒れてしまった。そして、巨大なファントムがディープアイズとアキに迫ってきた。間一髪、荒地を船で脱出した一行だったが、ハインのシンパの兵士は、アキがファントムを呼び寄せたと断定した。彼らは、アキとグレイを逮捕しようとするが、グレイが指揮権を死守し、船をニューヨークへ帰還させた。
意識不明のアキは、シドのもとへ運びこまれた。グレイは、アキを安心させるため、彼女と一緒に眠り、彼女の夢の中に侵入した。その夢は、最近、アキが続けてみている同じ夢で、他の惑星が舞台のようだった。アキは、この夢がファントムが何かを自分に知らせようとしているのだと信じていた。夢は、惑星の生物が炎に包まれ、隕石と一緒に宇宙外に放り出されるところで終わった。
アキが夢を録画していることを知ったハインは、それをファントムに操られている証拠とし、アキとシドとディープアイズの隊員たちを逮捕拘束した。邪魔者がいなくなると、ハインは、ファントムの脅威を評議会に知らしめる目的で、バリア解除という暴挙に出た。ニューヨークにいっせいにファントムが侵入した。ファントムは次々と人々に襲い掛かり、街はパニックに陥った……。
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